검찰은 1958년 2월 16일 진보당 당수 조봉암을 간첩죄·국가보안법 위반죄·불법무기소지죄, 당 간사장 윤길중을 국가보안법 위반죄·간첩방조죄 혐의로 기소했다. 같은 해 6월 13일 1심판결에서 조봉암에게 징역 5년, 나머지 간부들에게 무죄가 선고됐지만 2심에서는 조봉암에게 사형, 나머지 간부들에게도 전원 유죄가 선고됐다. 대법원 판결은 1959년 2월 27일에 있었다. 진보당 간부들에게는 2심을 깨고 무죄가 선고됐으나, 조봉암에게는 사형이 선고돼 같은 해 7월 사형이 집행됐다. 진보당 사건은 진보당의 혁신적인 이념에 대한 보수세력의 경계를 반영한 것이었다. 1956년 3대 대통령 선거에서 200만 표가 넘는 지지를 받았던 조봉암에 대한 이승만과 자유당의 소아병적 경계 심리가 정치적 무리를 가져온 것이다.