정부조직법 전부개정안의 쟁점은 ▷인터넷TV(IPTV) ▷위성방송 ▷종합유선방송국(SO) 소관 업무를 맡을 방송통신위원회 존치 여부다.

제18대 대통령직 인수위원회는 비보도채널에 관한 방송진흥은 미래창조과학부로 이관하되 지상파·종합편성채널·보도채널의 정책은 방통위에 남기기로 정부조직법 원안을 만들었다.

새누리당 측은 "방송과 통신의 융합이 진행돼 일자리 창출을 위해서는 뉴미디어 정책 기능이 전부 미래부로 이관돼야 한다"고 강조하고 있으나, 민주통합당은 "방송장악 의도"라며 반대입장을 분명히 하고 있다.

야당은 방통위가 반드시 SO 소관 업무를 맡아야 한다고 주장한다. 민주당 관계자는 "대통령 영향력 아래에 있는 미래부 장관이 채널 편성권을 앞세워 케이블 TV로 재송신되는 지상파 방송, 종편, 보도채널 등에 영향력을 행사할 수 있다"면서 "합의제 기구인 방통위가 이를 다뤄야만 견제가 가능하다"고 말했다.

현재 논란이 되고 있는 방통위의 단위는 방통위의 방송정책국 산하 뉴미디어정책과(SO·위성방송 정책, SO 재허가), 방송채널정책과(종편·보도채널, 홈쇼핑 정책) 등 2개 과다. 앞서 여야는 협상 과정에서 방통위의 방송융합정책실 산하 융합정책과가 다루던 IPTV 소관 업무를 미래부로 이관하되, 위성방송 분야는 방통위에 잔류시키기로 의견을 모았다.