중앙선거관리위원회는 감사원의 직무 감찰 대상에 포함되지 않고, 앞서 감사원이 선관위를 상대로 채용 등 인력관리 실태에 관한 직무감찰을 벌인 것은 위헌·위법하다고 헌법재판소가 밝혔다. 헌재는 선관위가 감사원을 상대로 제기한 권한쟁의심판에서 27일 재판관 전원일치 의견으로 인용 결정을 내렸다. 헌재는 “대통령 소속 감사원이 선관위를 직무감찰하는 것을 허용한다면 대통령 등의 영향력을 제도적으로 차단하기 위해 선관위를 독립적 헌법기관으로 규정한 헌법 개정권자의 의사에 반한다”고 설명했다. 헌재는 감사원의 직무감찰 권한은 행정부 내부 통제 장치로서의 성격을 갖고 있다며 “정부와 독립된 헌법기관인 국회, 법원, 헌법재판소는 물론 이들 헌법기관과 병행해 독립된 헌법기관으로 설치된 선관위도 감사원의 직무 감찰 대상에 포함되지 않는다”며 “이 사건 직무 감찰은 헌법 및 법률상 권한 없이 이뤄진 것으로서 위헌·위법한 직무감찰에 해당한다”고 판단했다.

앞서 선관위는 감사원이 2023년 6월부터 2025년 2월까지 선관위를 상대로 실시한 인력관리 실태에 관한 직무감찰이 헌법과 법률에 부여된 선관위의 권한을 침해했다며 헌재에 권한쟁의심판을 청구했다. 선관위는 2023년 5월 고위 간부들의 자녀가 경력직 채용과 관련해 특혜를 받았다는 의혹이 제기되자 자체 감사를 벌인 뒤 이들을 경찰에 수사의뢰했다. 당시 선관위는 의혹과 관련해 국회 국정조사, 국민권익위원회 조사 및 수사기관의 수사에는 성실히 임하겠다고 했지만 감사원의 직무감찰은 거부했다.