정부가 8일 발표한 세법개정안은 중소기업에 대한 세제지원을 대폭 강화했다.

중소기업 기술 이전 소득에 대해 소득세와 법인세를 절반 깎아주는 등 세제 지원을 늘리고, 가업상속공제 혜택 기준을 완화했다.

현오석 부총리 겸 기획재정부 장관은 이번 개정안에 대해 "중소기업 지원이 굉장히 강조돼 있다. 앞으로 일자리 창출과 창조경제에 관련한 중소·벤처기업 등에는지원이 강화될 것"이라고 설명했다.

◇ 기술이전소득에 세금 감면…중소기업·R&D 세제지원 업종 확대

개정안은 2015년 말까지 중소기업이 특허권, 실용신안권, 디자인 등에 대한 지식재산권 등 기술을 이전해 얻은 소득에 대해서는 소득세·법인세의 50%를 깎아주도록 했다.

특수관계가 없는 법인이나 벤처기업·매출액 대비 R&D 비용이 5% 이상인 중소기업과 기술혁신형 M&A(인수합병)를 하면 증여세를 매기지 않는다. 다만 합병 전후 주식평가차익이 기존의 30% 이상이거나 3억원 이상일 때에는 증여세를 내야 한다. 기업 간 기술 거래를 활성화하고 벤처·창업투자가의 자금 흐름을 원활하게 만들자는 취지다.

중소기업과 R&D(연구개발) 세제지원 대상 업종도 대폭 늘어난다.

중소기업의 법인세나 소득세를 5∼30% 깎아주는 중소기업특별세액감면과 신규 고용을 늘리는 것에 비례해 설비투자에 4∼7% 세액공제를 해주는 고용창출투자세액공제는 전시산업발전법에 따른 전시산업, 지식재산서비스업, 연구개발지원업, 사회서비스업 중 일부 업종에 확대 적용된다.

연구개발비, 인력개발비 지출비용의 3∼25%를 세액공제하는 R&D 비용세액공제 등 R&D 세제지원 대상에는 부가통신, 출판, 영화 등 제작 및 배급, 광고, 창작예술 관련 서비스업 등 5개 서비스업종도 추가된다.

중소기업이 창업 초기에 공제받지 못한 중소기업투자세액을 이월 공제해주는 기간은 5년에서 7년으로 늘어난다.

또 중소기업 핵심인력의 장기근속을 유도하기 위해 5년간 기업과 근로자가 함께낸 뒤 근로자에게 모두 돌려주는 핵심인력성과보상기금에 기업이 납입한 금액은 전액 손비로 인정된다.

대기업이 협력 중소기업을 지원하고자 신용보증기금이나 기술보증기금, 대·중소기업협력재단에 출연한 금액의 7%를 세액공제해주는 제도는 적용기한이 올해 연말에서 2016년 연말로 늘어난다.

다만 앞으로는 돈을 내는 기업이 주식을 보유하거나 경영에 사실상 영향력을 행사할 수 있는 특수관계 기업에 지원할 땐 공제를 받지 못하게 된다.

◇ 기업 상속시 각종 혜택 확대

현행법에서는 대를 이어 가업을 잇는 중소·중견기업주에 대해 상속받은 기업 재산의 70%에 해당하는 금액(최대 300억원)에는 상속세를 매기지 않고 있다.

지금은 이런 가업상속공제가 매출액 2천억원 이하 중소·중견기업에만 적용됐지만, 앞으로는 대상이 매출액 3천억원 미만 중소·중견기업으로 확대된다.

가업을 상속받은 경우 10년동안 사후관리 요건을 지키지 않으면 공제받은 금액에 대해 다시 상속세를 내야 한다. 같은 가업에 종사, 고용인원 유지 등이 사후관리요건인데 개정안은 이 요건도 완화했다.

요건 중 업종 기준은 한국표준산업분류상 세세분류 기준에서 세분류 기준으로 바뀐다. 그동안은 호텔업을 하다가 여관업으로 전환하면 사후관리요건을 어긴 것으로 봤지만, 앞으로는 관광숙박시설 운영업이라는 세분류만 같으면 호텔업이나 여관업은 서로 전환해도 괜찮다는 것이다.

기업의 정규직 근로자 평균 인원이 상속 직전 사업연도 말 인원 이상을 유지했도록 했던 고용인원 유지 요건도 현실적 여건을 고려해 조금 느슨해진다.

앞으로는 기존 조건을 충족하지 못하더라도 각 사업연도 말 정규직 근로자 평균인원이 상속개시 전 2개 사업연도 평균의 80% 이상이면 사후관리 요건에 맞는 것으로 본다.

10년동안 사후관리요건을 지키지 못했을 경우 상속세를 다시 추징하는 방식도 바뀐다. 연차에 따라 추징률을 깎아준다. 7년차 이내에는 100%를 추징하되 8년차에는 90%, 9년차에는 80%, 10년차에는 70%만 추징한다.

가업상속공제재산에는 양도소득세 이월 과세가 새로 도입된다. 그동안은 부모가자식에게 재산을 물려주기 전 생긴 자본이득은 과세 대상이 아니었다. 앞으로는 여기에도 최소한의 양도소득세를 매기겠다는 것이다.

올해 말까지 한시적으로만 혜택을 주던 창업자금 증여세 과세특례는 적용기한이폐지돼 앞으로도 계속 유지된다. 가업승계 증여세 과세특례도 마찬가지로 한시 적용시한이 폐지돼 계속 혜택을 받을 수 있다.

◇ 중소기업 고용 창출 밀어준다

중소기업이 사람을 더 뽑으면 15∼29세 청년 근로자의 경우 증가인원 사회보험료의 100%, 청년외 근로자의 경우 50%에 해당하는 금액을 세액공제해준다. 올해 말까지만 한시적으로 지원될 예정이었으나 2016년 말까지로 적용 기한이 늘어난다. 또 지금은 상시 근로자는 1명, 한달간 근로시간이 60시간 이상인 근로자는 0.5명으로 계산해 혜택을 줬는데, 개정안에서는 일정요건을 갖춘 상용형 시간제 근로자를 0.75명으로 계산하도록 새로 정했다. '일정요건'이란 계약기간이 정해져 있지 않고, 상시근로자와 시간당 임금, 복리후생 등에서 차별이 없는 경우 등을 말한다. 중소기업이 비정규직과 파견근로자를 정규직으로 전환하면 내년 말까지는 1인당100만원의 세액공제를 해준다.

'일자리 나누기'를 장려하기 위해 고용을 유지하는 중소기업과 근로자에 손금산입이나 소득공제 혜택을 주던 제도의 경우 그동안은 '경영상 어려움'이 있는 경우만적용 대상이었으나 개정안에서는 이 요건을 삭제했다.

다만 기업이 이 제도를 임금삭감 수단으로 악용하는 것을 막기 위해 근로자의 시간당 임금이 감소하지 않아야 한다는 단서 조항을 달았다.

저소득층·장애인·고령자 등 취약계층의 고용비중이나 서비스 이용 비중이 30%이상인 사회적기업이나 장애인 고용 요건을 충족한 장애인표준사업장은 3년간 소득세와 법인세를 100% 감면해준다. 이후 2년간은 50% 감면해준다. 2016년 말까지만 시행된다.

기업이 만 60세 이상 노인과 장애인을 고용하면 고용창출투자세액공제 적용시 1인당 1천500만원씩 세액공제 한도가 늘어나도록 했다.

중소기업에 취업하는 만 60세 이상 노인과 장애인은 취업후 3년간 근로소득세를50% 감면받게 된다. 기존에 근로소득세 100%를 감면받던 중소기업 취업 청년 근로자의 혜택도 50%로 바뀐다. 적용 기한은 2016년 말까지다.

◇ 투자지원제도 기업규모에 따라 차등

각종 투자지원제도 혜택은 대기업과 중견기업, 중소기업에 따라 수준을 달리 하기로 했다.

R&D 설비, 환경보전시설, 에너지절약시설 투자세액공제율은 지금껏 기업규모와 상관없이 모두 10%를 적용했지만 앞으로는 대기업 3%, 중견기업 4%, 중소기업 5%로 차등화한다. 세액공제 적용기한은 R&D 설비투자 세액공제가 2015년 말, 나머지는 2016년 말까지다.

2016년 말까지 적용되는 의약품 품질관리 개선시설 투자세액공제의 공제율도 일괄 7%에서 대기업 3%, 중견기업 4%, 중소기업 5%로 바뀐다.

기업이 구조조정을 위해 자산을 매각할 때 적용해주던 세제지원도 확대된다.

재무구조개선계획에 따라 기업이 자산을 양도하고서 3개월 이내에 채무를 상환했을 땐 양도차익 중 부채상환에 사용한 금액은 3년 거치, 3년 분할로 과세 대상 금액에 포함한다. 2015년 말까지 한시적으로 시행된다.

기업이 합병해 생긴 중복 자산을 양도할 때 과세 특례를 주던 제도도 대상 업종을 제약업 경영기업에서 의료기기업, 조선업, 해운업, 건설업 경영기업까지 확대해준다.

FTA 발효로 매출·생산에 타격을 입은 기업에 혜택을 주던 무역조정지원기업 과세특례는 올해 말까지였던 적용기한이 폐지된다.

엔젤투자 공제율과 공제한도를 상향하고 기술혁신형 M&A에 법인세 세액공제 혜택을 주는 등 창조경제 실현을 위한 세제지원도 이번 개정안에 포함됐다. 연합뉴스