기획재정부가 내놓은 2013년 세법개정안의 특징증 하나는 대기업 대상의 각종 세제 지원 제도가 상당 부분 폐지되거나 축소됐다는 점이다.

장기화된 경기 침체 속에서 중소기업보다는 대기업이 자금 여력이 있다는 점을 감안해 기존에 대기업 위주로 운영되던 각종 투자나 연구·개발(R&D) 세제 지원에 메스를 가한 것이다.

이를 통해 마련한 자금은 상대적으로 여건이 취약한 중소기업으로 배분될 예정이다.

정부는 올해 세법 개정안이 그대로 국회를 통과하면 대기업은 1조원 상당의 세 부담을 더 지게 될 것으로 추산하고 있다.

이는 정부가 최근 세법개정안에서 대기업 혜택 감소분으로 1천억~2천억원을 설정했음을 감안하면 대폭 증가한 수준이다.

가장 주목할만한 변화는 기존의 투자 지원 세제를 축소하면서 대기업과 중소기업 간에 세액 공제율을 차등화하는 방식을 채택한 것이다.

현행 투자지원제도는 대기업이 90% 이상의 혜택을 누릴만큼 편중돼 있어 제도 개선이 시급하다는 지적을 받아 왔다.

이런 측면에서 환경보전시설과 에너지절약시설, R&D 설비투자 세액공제의 경우 기존에 10%를 적용해주던 것을 앞으로는 대기업 3%, 중견기업 4%, 중소기업 5%로 차등화했다.

의약품 품질관리 개선시설은 기존 7%에서 대기업 3%, 중견기업 4%, 중소기업 5%로 하향조정했다.

이는 전반적으로 투자지원 세제를 하향조정하되 대기업에 더 파격적인 수준의 감축률을 적용한 것으로 해석된다.

이런 시설의 상당 부분이 법적 의무 시설인데다 낮은 금리로 자금을 공급하는 등 세출 지원 방식도 가능하다고 판단했기 때문이다.

R&D 지원과 관련된 비과세·감면 제도를 폐지하거나 대폭 축소한 것도 대기업에대한 세제 지원을 줄이는 효과를 낸다.

R&D 준비금 손금산입제도(비용으로 처리)는 일몰이 종료됨에 따라 폐지하기로 했다.

이 제도는 미래의 R&D 투자를 위해 미리 적립하는 금액에 대해 매출액의 3% 한도에서 손금산입을 해주던 것이다.

정부는 R&D 준비금이 국제적으로 운용되지 않는 제도인 데다 내부 유보가 많은 대기업에 상당 부분 혜택이 돌아가는 것으로 보고 폐지를 결정했다.

R&D 비용의 세액공제 대상도 줄였다. 연구소 직원이 아닌 다른 직원의 유학비나훈련비 등 R&D와 직접 관련이 없는 비용은 세액공제 대상에서 빼기로 했다.

같은 맥락에서 신재생에너지 기자재 관세 감면(50%) 제도와 환경오염방지물품 관세 감면(30%)은 대기업을 배제하고 중소기업에 한해서만 2년 더 연장하기로 했다.

해외자원개발 투자세액공제나 해저광물자원개발업 부가가치세 등 면제 혜택도 공기업에 지원이 편중된다는 점을 감안해 폐지를 결정했다.

이석준 기획재정부 2차관은 "투자 재원을 마련한다는 측면에서 대기업은 중소기업보다 상대적으로 여유가 있다고 본다"면서 "전반적으로 재정이 어려운 상황이므로 대기업에 대한 비과세·감면을 축소할 수밖에 없다고 판단했다"고 말했다. 연합뉴스