정부가 우리나라 해운산업의 국제 경쟁력 제고를 위해 일명 ‘톤세’로 불리는 ‘해운기업 법인세 과세표준(과표) 특례’ 적용 기한을 5년 연장하기로 했다. 이에 따라 국내 해운 기업은 세금 부담을 낮추는 효과가 있는 톤세제를 2029년 말까지 더 적용받게 됐다.

다만 정부는 적용 기한을 연장하는 대신 일부 선박에 대해서는 톤세율을 지금보다 높이기로 했다.

기획재정부는 25일 세제발전심의위원회를 열고 이런 내용이 담긴 ‘2024년 세법개정안’을 발표했다. 올해 말 종료가 예정됐던 해운기업 법인세 과표 특례 적용 기한은 올해 말에서 2029년 12월 31일까지 연장됐다. 톤세는 해운업체의 법인세를 계산할 때 영업이익 대신 선박의 톤(ｔ) 수와 운항일수 등에 따라 세금을 매기는 제도다. 일반 법인세보다 세금 감면 효과가 크다.

앞서 정부는 2005년 처음으로 톤세제를 도입했다. 이후 세 차례 연장이 이뤄졌는데 이번까지 합쳐 총 4회로 늘게 됐다. 정부가 추가 연장을 결정한 것은 톤세제가 주요 해운 강국이 시행 중인 글로벌 제도인 만큼 이를 폐지하면 국내 해운업이 국제 경쟁력을 확보할 수 없게 된다는 우려에 따른 것이다. 현재 독일·네덜란드 등 20여 개 국가에서는 해운사의 사업 특징을 고려해 톤세제를 유지한다. 다만 정부는 일부 선박에 대해서는 톤세율(톤당 1운항일의 이익)을 높이기로 했다. 톤세율은 선박 톤수에 곱하는 계수 개념이다. 구간마다 4~14원으로 상이하다. 구체적으로 정부는 용선(타인 소유의 선박을 일정 기간 동안 빌려서 운항하는 것)에 대한 톤세율을 1000ｔ 이하는 현행 14원에서 18.2원으로, 1000ｔ~1만ｔ은 11원에서 14.3원으로, 1만ｔ~2만5000ｔ은 7원에서 9.1원으로 각각 상향 조정했다. 2만5000ｔ 초과분도 현행 4원에서 5.2원으로 높였다.

현행 톤세율은 2005년 제도 도입 당시와 같다. 19년째 동결된 상태에서 처음으로 상향 조정을 결정한 것이다. 제도 자체는 5년 더 연장하되 기업이 내야 하는 세액은 늘릴 필요가 있다는 게 정부 설명이다. 하지만 그간 해운업계가 ‘톤세제 영구 시행’과 ‘톤세율 유지’를 요구해 왔다는 점에서 정부의 이번 결정이 논란의 불씨가 될 수도 있다.