국세청 제공

#사례. 세종에 사는 근로자 이모 씨는 2022년 위암 수술을 하면서 총급여 4000만 원 중 의료비로 1200만 원을 지출했다. 이후 2023년 2월 연말정산 때 162만 원의 의료비 세액공제를 받았고 같은 해 9월 건강보험공단으로부터 의료비 환급금으로 500만 원을 돌려받았다.

그러나 이 씨는 1년이 흐른 올해 9월 회사로부터 ‘의료비 환급금을 의료비에 차감하지 않고 세금을 과다 공제받아 가산세 16만 원을 포함해 근로소득세 91만 원을 추가로 내야 한다’는 안내를 받았다.

이 씨는 “연말정산 종료 이후 6개월이 더 지나서 돌려받은 사후 환급금을 연말정산 때 차감하지 못했다는 이유로 가산세를 내는 것은 억울하다”고 토로했다.

국세청은 11일 “앞으로 이 씨처럼 종합소득세 신고 기한 이후 의료비 환급금(국민건강보험공단의 본인부담상한제 환급금)을 수령하는 근로자는 과다 공제자에게 적용되는 가산세를 면제받게 된다”고 안내했다.

현행 세법상 의료비 환급금은 의료비 세액공제 대상이 아니다. 연말정산(3월) 또는 종합소득세 신고(5월) 때 의료비에서 차감하고 신고해야 한다.

하지만 현재 건보공단에서는 의료비 지출 연도 다음 해 8월 말 이후 환급금이 결정·지급된다. 이 때문에 납세자는 신고 기한까지 그 금액을 알 수 없어 과다 공제받게 된다.

국세청은 “가산세가 발생하지 않도록 신고 기한 전에 의료비 환급금 자료를 받으려고 건보공단과 협의도 했으나, 건보공단 일정상 시기를 앞당겨 자료를 수집하는 것은 불가능하다는 것을 확인했다”고 밝혔다.

이에 국세청은 보다 정확한 판단근거를 마련하고자 감사원에 ‘적극행정 컨설팅’을 신청했다. 그 결과 의료비 환급금을 뒤늦게 수령한 경우 납세 의무자에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이라는 결론에 도달했다.

이미 가산세를 낸 근로자가 있다면 최근 5년에 대해 경정 청구할 수 있다. 2019년 귀속(2020년 5월 31일 신고 기한) 분부터 해당한다.

국세청은 “앞으로도 적극 행정으로 문제를 신속하게 해결하는 등 최선의 노력을 다하겠다”고 밝혔다.