최상목(가운데) 부총리 겸 기획재정부 장관이 지난 22일 정부세종청사에서 사전브리핑을 열고 ‘2024년 세법개정안’의 주요 내용을 설명하고 있다. 기재부 제공

정부가 우리나라 해운산업의 국제 경쟁력 제고를 위해 일명 ‘톤세’로 불리는 ‘해운기업 법인세 과세표준(과표) 특례’ 적용 기한을 5년 연장하기로 했다.

이에 따라 국내 해운 기업은 법인세 인하 역할을 하는 톤세제 혜택을 2029년 말까지 더 받을 수 있게 됐다.

다만 적용 기한을 연장하는 대신 일부 선박에 대해서는 톤세율을 지금보다 높인다.

정부는 25일 서울 중구 은행회관에서 김범석 기획재정부 1차관 주재로 세제발전심의위원회를 열고 이런 내용이 담긴 ‘2024년 세법개정안’을 발표했다.

올해 말 종료가 예정됐던 해운기업 법인세 과표 특례 적용 기한은 2029년 12월 31일까지로 5년 연장됐다.

톤세 제도는 해운업체의 법인세를 계산할 때 영업이익 대신 선박의 톤(t) 수와 운항일수 등을 바탕으로 추정한 이익을 적용하는 제도다. 일반 법인세보다 세금 감면 효과가 크다.

앞서 정부는 2005년 처음으로 톤세제를 도입했다. 이후 세 차례 연장이 이뤄졌는데 이번까지 합쳐 연장 회수가 총 4회로 늘어나게 됐다.

정부가 추가 연장을 결정한 것은 톤세제가 주요 해운 강국이 시행 중인 글로벌 제도인 만큼 제도를 폐지하면 국내 해운업이 국제 경쟁력을 확보할 수 없게 된다는 우려 때문으로 풀이된다.

현재 독일·네덜란드 등 20여개 국가에서는 해운사의 사업 특징을 고려해 톤세제를 유지하고 있다.

다만 정부는 일부 선박에 대해서는 톤세율(톤당 1운항일의 이익)을 높이기로 했다. 톤세율은 선박 톤수에 곱하는 계수 개념이다. 구간마다 4~14원으로 상이하다.

구체적으로 정부는 기준선박이 아닌 선박(용선)에 대한 톤세율을 개별 선박 순톤수에 따라 1000톤 이하는 현행 14원에서 18.2원으로, 1000톤~1만 톤은 11원에서 14.3원으로, 1만 톤~2만5000톤은 7원에서 9.1원으로 각각 상향 조정했다.

2만5000톤 초과분도 현행 4원에서 5.2원으로 높였다.

현행 톤세율은 2005년 제도 도입 당시와 같다. 19년째 동결된 상태에서 처음으로 상향 조정을 결정한 것이다. 제도 자체는 5년 더 연장하되 기업들이 내야 하는 세액은 늘릴 필요가 있다는 게 정부 설명이다.

하지만 그간 해운업계가 ‘톤세제 영구 시행’과 ‘톤세율 유지’를 요구해 왔다는 점에서 정부의 이번 결정이 향후 논란의 불씨가 될 가능성도 남아 있다.