구윤철(오른쪽 두 번째) 부총리 겸 재정경제부 장관이 지난달 30일 정부세종청사에서 ‘2026년 세제개편안’ 관련 사전 브리핑을 하고 있다. 재경부 제공

정부가 지방주도 성장을 강화하기 위해 연구개발(R&D)과 투자는 물론 취업·창업 등에 대한 세제 혜택을 비수도권에 더 많이 주기로 했다.

하지만 부산 등 비수도권 광역시에 대해서는 현 지원 수준을 유지하는 데 그치거나 유의미한 세제우대 정책을 내놓지 않아 실효성이 크지 않을 것이라는 지적이 나온다.

재정경제부(재경부)는 3일 세제발전심의위원회를 열어 이런 내용이 담긴 ‘2026년 세제개편안’을 확정·발표했다.

우선 정부는 지방우대 세제를 적극 추진한다. 각종 세액공제를 적용할 때 ‘지역별 계수’를 기본공제율에 곱하는 방식이다.

이를 위해 정부는 지역 구분 방식을 세분화했다. 지금까지는 단순히 수도권과 비수도권으로만 나눠 세제를 차등 지원했는데, 앞으로는 ▷서울·경기·인천(지역별 계수 1.0) ▷비수도권 광역시(1.1) ▷기타 비수도권(1.3) ▷기타 비수도권 우대지역(1.5) 등 4개로 구분해 지원한다.

재경부 관계자는 “기본공제율에 지역별 계수가 곱해지면 수도권에서 멀수록, 비수도권 내에서도 더 낙후된 지역일수록 세액공제율이 높아진다”며 “‘우대지역’은 인구감소지역으로 보면 된다”고 말했다.

구체적인 지역 구분은 서울과의 거리나 인구·경제·사회 여건 등을 반영해 이번 세제개편안의 시행령 개정안이 나올 내년 2월 확정된다.

지역 세분화 등을 토대로 정부는 창업 중소기업에 대한 세액감면 제도를 ‘비수도권 우대’ 방식으로 재설계했다. 이 제도는 창업 후 첫 소득이 발생한 연도부터 5년간 법인세·소득세를 연 5억 원 한도로 감면해주는 것이다.

현재 수도권과 비수도권 창업 중소기업에 각각 25%와 50%의 감면율이 적용되는데, 정부는 이를 세분화해 서울·경기·인천 감면율(25%)은 그대로 두고 ▷비수도권 광역시는 50% ▷기타 비수도권은 60% ▷기타 비수도권 우대지역은 70%의 감면율을 각각 적용하기로 했다.

비수도권 광역시만 빼고 나머지 2개 비수도권 지역의 감면율이 높아지는 셈이다.

고향사랑기부금 소득세 세액공제도 마찬가지다. 지금은 기부액이 10만~20만 원일 경우 지역 구분 없이 40%의 공제율이 적용되는데, 앞으로는 서울·경기·인천과 비수도권 광역시 공제율은 40%가 그대로 유지되고 기타 비수도권과 기타 비수도권 우대지역만 50%씩으로 높아진다.

중소기업 취업자에 대한 근로소득세 감면 역시 비수도권 광역시는 혜택이 거의 없다.

현재 만 15~35세 청년에게 ‘5년간 90%’의 감면율이 지역 구분 없이 적용되는데 정부는 비수도권 고용난이 상대적으로 심각하다는 판단에 따라 수도권은 ‘5년간 90%’를 그대로 유지하고 ▷비수도권 광역시는 6년간 90% ▷기타 비수도권은 7년간 90% ▷기타 비수도권 우대지역은 10년간 90%의 감면 혜택을 주기로 했다.

비수도권 광역시의 경우 감면율 변화 없이 기간만 1년 늘어나는 셈이다.