'서울시 공무원 간첩사건' 증거위조 의혹을 수사한 서울중앙지검 진상조사팀(팀장 윤갑근 검사장)은 14일 국정원 이모(3급) 대공수사처장, 주선양 총영사관 이인철(48) 영사를 불구속기소하고, 자살 기도로 치료 중인 국정원 권모(50) 과장에 대해서는 시한부 기소중지 결정을 내렸다. 이 처장과 권 과장에게는 모해 증거 위조 및 사용, 사문서위조 및 행사, 허위공문서 작성 및 행사 등 혐의를, 이 영사에게는 사문서위조 및 행사를 제외한 나머지 혐의를 적용했다. 앞서 지난달 31일에는 문서 위조 사실이 드러난 국정원 대공수사국 김모(47) 과장, 국정원 협조자 김모(61) 씨를 구속기소했다. 

하지만 검찰은 국정원 윗선 지시 여부를 밝히지 못했고 수사 검사도 처벌 대상에서 제외해 부실 수사라는 지적을 받고 있다. 남재준 국정원장에 대해서는 증거위조를 지시하거나 개입한 사실이 확인되지 않아, 간첩사건 피고인 유우성(34) 씨 사건 수사 또는 공소유지를 담당한 검사 2명에 대해서는 증거위조를 인지하거나 관여한 점이 확인되지 않았다며 무혐의 처분했다.

박근혜 대통령은 이날 간첩사건 증거조작과 관련해 사의를 표명한 서천호(53) 국정원 2차장의 사표를 수리했다. 민경욱 청와대 대변인은 "수사 결과 문제가 드러나면 바로잡을 것이라는 지난달 발언에 따른 것"이라고 설명했다.