3대강 정비 사업 부실 논란의 핵심 가운데 하나는 세굴이다. 세굴은 강이나 바다의 바닥이 흐르는 물 때문에 깎여나가는 현상을 말한다.

박재현 인제대 토목공학과 교수는 "세굴은 빠른 유속 때문에 발생한다. 강을 막아 만든 보는 물을 가둔다. 보에 막혔던 물이 하류로 내려가다 보면 유속이 빨라질 수밖에 없다. 이 때문에 빨라진 유속을 제어하는 시설이 필요한 데 현재 4대강 사업에는 그런 장치가 들어 있지 않다"고 지적했다.

박 교수는 "4대강 사업으로 만든 보는 높이가 15m가량 되는 구조물로, 보가 아니라 댐으로 분류돼야 한다. 그런데 정부는 보를 기준으로 설계하면서 유속을 제어하는 시설을 하지 않았고, 이것이 문제를 만들고 있는 것"이라고 설명했다.

정부가 세굴은 자연적인 현상으로, 섬유매트와 같은 신소재를 주입시켜서 콘크리트를 부으면 세굴이 확장되지 않는다고 밝힌 데 대해서도 반박했다. 강 바닥에 콘크리트를 부어도 아랫 부분의 모래가 빠져나가는 것을 막기는 어렵고, 큰 홍수가 발생할 경우 세굴은 더 확장될 것이란 주장이다. 수백 개의 파일을 박고 구조물을 설치한 것이기 때문에 보는 절대 무너지지 않는다는 정부의 주장에 대해서도 박 교수는 다른 의견을 내놨다. 그는 "주변에 모래 등이 쓸려 나가면 단단한 바위에 박혀있지 않은 파일 만으로는 견딜 수 없다"고 말했다.