부산 해운대구 엘시티 일대. 국제신문 DB

부산 최고 마천루 엘시티의 시행사인 엘시티PFV가 건물 취득세와 관련한 행정소송(국제신문 2024년 12월 6일 자 5면 등 보도)을 제기했으나 해운대구가 승소 또는 일부승소하면서 잇달아 재판에서 이겼다.

4일 법조계에 따르면 부산지법 제1행정부(천종호 부장판사)는 지난해 11월 엘시티PFV가 해운대구를 상대로 제기한 취득세 등 부과 처분 취소 소송에서 구의 일부승소를 선고했다. 재판부는 엘시티PFV가 처분 취소를 청구한 간접비용의 취득세 등 52억2719만 원에 관해 12억3821만 원만 시행사 측 주장을 인정하고, 나머지 금액은 청구를 기각했다. 비율상 해운대구가 77%, 엘시티PFV가 23%의 금액을 각각 인정받은 것으로 소송 비용도 같은 비율로 부담하라고 재판부는 판결했다. 부산시도 이 재판의 피고보조참가인이다.

앞서 시는 세무조사를 통해 엘시티 건축물 신축에 따른 간접비용의 취득세를 부과했다. 취득세 등의 간접비용은 부동산 취득 때 부수적으로 발생해 취득가액에 포함되는 비용이다. 재판 쟁점도 취득에 필수적인 비용으로서의 간접비 포함 여부였다. 지방세법은 물건을 취득하기 위해 지급했거나 지급해야 할 직접 및 간접비용의 합계액으로 취득세를 결정한다.

재판부는 애초 1296억 원이었던 과세표준액 중 292억 원을 제외한 1004억 원을 정당한 과세표준으로 봤다. 구체적으로 재판부는 사업 부지에 관한 신탁등기 등과 관련해 지급한 등록세, 법무사 보수, 등기비용, 공인인증수수료 등은 이 건물의 신축과 직접적인 관련이 없다고 판단했다.

해운대구는 1심 재판부가 인정하지 않은 과세표준 292억 원 중 84억 원은 항소했다. 취득세로 따지면 2억7000만 원에 해당하는 규모다.

앞서 엘시티PFV가 해운대구를 상대로 제기했던 또 다른 취득세 소송도 법원이 최종적으로 구의 손을 들어주면서 확정판결이 내려졌다. 지난 3월 대법원은 엘시티PFV의 상고를 기각했다. 엘시티PFV는 2024년 3월 해운대구에 ‘2020년 구에 낸 취득세 688억 원 중 절반인 344억 원을 환급해달라’는 취지의 행정소송을 냈으나, 1·2심에서 잇달아 패소했다.

양측은 프로젝트금융 투자회사(PFV)의 부동산 취득세 감면 규정과 관련해 다퉜다. 2010년 이전에 설립 및 등기한 PFV가 2016년까지 취득하는 부동산은 종전 규정에 따라 취득세 감면이 가능하도록 한 부칙 개정의 해석을 놓고 주장이 엇갈렸는데, 이후 이 법이 규정한 지방세 감면은 2015년부터 지방세특례제한법으로 합쳐졌다. 구는 2019년 11월 준공한 엘시티의 부동산 취득 시점이 2016년을 지났기 때문에 감면 대상이 아닌 것으로 판단했는데, 법원도 이 해석을 타당하다고 봤다.

해운대구 관계자는 “간접비용 사건에서 1심이 받아들이지 않은 금액 중 일부는 항소해 2심이 진행 중”이라고 밝혔다.